東京は江戸時代以来、約400年にわたり日本の中心として繁栄してきた。そのため、江戸幕府や明治政府から特別の崇敬を受けた重要な神社がいくつもある。また、多くの庶民によって信仰を集めてきた神社も数多い。
御朱印拝受という観点から見れば、人口が多いことから宮司さんが常駐している割合が高く、他府県に較べて御朱印のいただける神社が多い。公共交通機関も発達しているため、御朱印拝受には絶好の土地柄と言えるだろう。
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東京都神社庁
千代田区の神社
日枝神社／靖國神社／五十稲荷神社／太田姫稲荷神社／神田神社／築土神社／東京大神宮／平河天満宮／三崎稲荷神社／柳森神社
中央区の神社
摂社日枝神社／於岩稲荷田宮神社／笠間稲荷東京別社／小網神社／三光稲荷神社／水天宮／末廣神社／椙森神社／住吉神社 龍神社／寶田恵比寿神社／茶ノ木神社／鉄砲洲稲荷神社／波除稲荷神社／初音森神社／福徳神社／松島神社／明徳稲荷神社
港区の神社
朝日神社／愛宕神社／出雲大社東京分祠／亀塚稲荷神社／讃岐小白稲荷神社／春日神社／烏森神社／飯倉熊野神社／虎ノ門金刀比羅宮／幸稲荷神社 タワー大神宮／櫻田神社／鹽竈神社／芝大神宮／十番稲荷神社／神道大教院／元神明宮／高輪神社／天祖神社／芝東照宮／乃木神社／西久保八幡神社／赤坂氷川神社／白金氷川神社／麻布氷川神社／久國神社／日比谷神社／廣尾稲荷神社／御田八幡神社／御穂鹿嶋神社
新宿区の神社
赤城神社／穴八幡宮／市谷亀岡八幡宮 茶ノ木稲荷神社／稲荷鬼王神社／東山藤稲荷神社／於岩稲荷田宮神社／皆中稲荷神社／神楽坂若宮八幡神社／十二社熊野神社／中井御霊神社／葛谷御霊神社／四谷須賀神社／諏訪神社／月見岡八幡神社／成子天神社／西向天神社／筑土八幡神社／花園神社／下落合氷川神社／水稲荷神社／夫婦木神社／鎧神社
文京区の神社
巣鴨大鳥神社／腰掛稲荷神社／今宮神社／牛天神北野神社／小石川大神宮／金刀比羅宮東京分社／小日向神社／櫻木神社／正八幡神社／妻恋神社／駒込天祖神社／根津神社／白山神社／簸川神社／吹上稲荷神社／駒込富士神社／三河稲荷神社／湯島天満宮
台東区の神社
秋葉神社／浅草神社 被官稲荷神社／銀杏岡八幡神社／千束稲荷神社／今戸神社／鷲神社／小野照崎神社 下谷坂本富士／蔵前神社／五條天神社／第六天榊神社／下谷神社／須賀神社／諏訪神社／浅草富士浅間神社／玉姫稲荷神社／上野東照宮／鳥越神社／花園稲荷神社／本社三島神社／三島神社(金杉)／元三島神社／矢先稲荷神社／吉原神社
墨田区の神社
秋葉神社／飛木稲荷神社／隅田稲荷神社／牛嶋神社／江島杉山神社／小村井香取神社／五柱稲荷神社／葛西川白鬚神社／寺島白鬚神社／隅田川神社／高木神社／三囲神社／三輪里稲荷神社
江東区の神社
愛宕神社／宇迦八幡宮／大島稲荷神社／亀戸香取神社／亀戸天神社／猿江神社／志演尊空神社／洲崎神社／亀戸浅間神社／江東天祖神社／富岡八幡宮／富賀岡八幡宮／東大島神社／深川稲荷神社／深川神明宮
品川区の神社
居木神社／荏原神社／荏原金刀比羅神社／大井蔵王権現神社／鹿嶋神社／雉子神社／貴船神社／品川神社／下神明天祖神社／上神明天祖神社／天祖・諏訪神社／小山八幡神社／三谷八幡神社／戸越八幡神社／旗岡八幡神社／鮫洲八幡神社／桐ヶ谷氷川神社
目黒区の神社
目黒大鳥神社／自由が丘熊野神社／中目黒八幡神社／上目黒氷川神社／八雲氷川神社／碑文谷八幡宮
大田区の神社
穴守稲荷神社／磐井神社／太田神社／大森鷲神社／大森神社／女塚神社／御嶽神社／春日神社／北野神社／貴舩神社／荒藺ヶ崎熊野神社／大森浅間神社／多摩川浅間神社／千束八幡神社／神明山天祖神社／徳持神社／十寄神社／新田神社／蒲田八幡神社／子安八幡神社／雪ヶ谷八幡神社／鵜ノ木八幡神社／羽田神社／薭田神社／東八幡神社／矢口氷川神社／御園神社／六郷神社／六所神社
世田谷区の神社
池尻稲荷神社／大原稲荷神社／久富稲荷神社／宇佐神社／奥沢神社／北澤八幡神社／駒繋神社／駒留八幡神社／桜神宮／松陰神社／菅原神社／世田谷八幡宮／瀬田玉川神社／玉川神社(等々力)／経堂天祖神社／稲荷森稲荷神社／勝利八幡神社／太子堂八幡神社／代田八幡神社／東玉川神社／喜多見氷川神社／深沢神社／扶桑教太祠／用賀神社／赤堤六所神社／野毛六所神社
渋谷区の神社
明治神宮／恵比寿神社／穏田神社／北谷稲荷神社／青山熊野神社／金王八幡宮／東郷神社／豊栄稲荷神社／鳩森八幡神社／渋谷氷川神社／幡ヶ谷氷川神社／平田神社／宮益御嶽神社／代々木八幡宮
中野区の神社
新井天神北野神社／多田神社／鷺宮八幡神社／八幡神社（大和町）／上高田氷川神社／沼袋氷川神社／中野氷川神社／本郷氷川神社／神明氷川神社
杉並区の神社
井草八幡宮／永福稲荷神社／久我山稲荷神社／松庵稲荷神社／大宮八幡宮／大宮前春日神社／天沼熊野神社／和泉熊野神社／阿佐ヶ谷神明宮／成宗須賀神社／太道教・猿田彦神社／田端神社／第六天神社／高円寺天祖神社／荻窪白山神社／天沼八幡神社／荻窪八幡神社／下高井戸八幡神社／高円寺氷川神社／馬橋稲荷神社
豊島区の神社
子安稲荷神社／雑司ヶ谷大鳥神社／巣鴨猿田彦大神庚申堂／大国神社／大塚天祖神社／長崎神社／池袋氷川神社／高田氷川神社／池袋御嶽神社／駒込妙義神社
北区の神社
王子神社／王子稲荷神社／紀州神社／志茂熊野神社／諏訪神社／田端八幡神社／七社神社／白山神社／赤羽八幡神社／滝野川八幡神社／上田端八幡神社／平塚神社
荒川区の神社
板橋区の神社
清水稲荷神社／中台稲荷神社／徳丸北野神社／轡神社／中丸熊野神社／城山熊野神社／東熊野神社／子易神社／西台天祖神社／常盤台天祖神社／赤塚氷川神社／東新町氷川神社／氷川神社（下板橋）／根村氷川神社
練馬区の神社
大泉天神北野神社／茅原浅間神社／天祖若宮八幡宮／練馬大鳥神社／練馬白山神社／大泉氷川神社／石神井氷川神社／豊玉氷川神社／氷川神社（練馬大氷川）／武蔵野稲荷神社
足立区の神社
綾瀬稲荷神社／西之宮稲荷神社／河原稲荷神社／柳原稲荷神社／梅田神明宮／花畑大鷲神社／千住神社／千住本氷川神社／竹塚神社／白幡八幡神社／六月八幡神社／栗原氷川神社／江北氷川神社／大川町氷川神社／仲町氷川神社／元宿神社／島根鷲神社
葛飾区の神社
青砥神社／於玉稲荷神社／葛西神社／亀有香取神社／上千葉香取神社／五方山熊野神社／小菅神社／小谷野神社／渋江白鬚神社／奥戸天祖神社／上平井天祖神社／高砂天祖神社／堀切天祖神社／柴又八幡神社／半田稲荷神社／新宿日枝神社／下千葉氷川神社
江戸川区の神社
宇喜多稲荷神社／間々井香取神社／長島香取神社／小岩神社／平井諏訪神社／篠崎浅間神社／西小松川天祖神社
北多摩地域の神社
府中市：大國魂神社／小野神社
小金井市：山王稲穂神社／小金井神社／貫井神社／八重垣稲荷神社
国分寺市：熊野神社
国立市：谷保天満宮
立川市：阿豆佐味天神社／熊野神社／立川諏訪神社
昭島市：日吉神社
武蔵村山市：お伊勢の森神明社
東大和市：豊鹿嶋神社／八幡神社
小平市：熊野宮／小平神明宮
東村山市：八坂神社
清瀬市：日枝神社・水天宮
東久留米市：南沢氷川神社
西東京市：田無神社／東伏見稲荷神社
武蔵野市：杵築大社／武蔵野八幡宮
三鷹市：牟礼神明社／三鷹八幡大神社
調布市：青渭神社／国領神社／虎狛神社／布多天神社
狛江市：伊豆美神社
南多摩地域の神社
八王子市：市守大鳥神社／産千代稲荷神社／子安神社・金刀比羅神社／宮尾神社／諏訪神社（下壱分方）／諏訪大地主神社／多賀神社／北野天満社／打越八幡社／八幡神社（元八王子）／八幡八雲神社／日吉八王子神社
町田市：春日神社（大蔵）／鶴間熊野神社／菅原神社／町田天満宮／母智丘神社
日野市：百草八幡神社／八坂神社／若宮神社
多摩市：小野神社
稲城市：青渭神社／穴澤天神社／大麻止乃豆乃天神社／杉山神社
西多摩地域の神社
青梅市：青渭神社／勝沼神社／新町御嶽神社／住吉神社／野上春日神社／千ヶ瀬神社／虎柏神社／武蔵御嶽神社
福生市：熊川神社／福生神明社
羽村市：阿蘇神社／玉川神社
あきる野市：阿伎留神社／稲足神社／正一位岩走神社／二宮神社
瑞穂町：阿豆佐味天神社
日の出町：幸神神社
檜原村：九頭龍神社